《刑事诉讼法》第二条将尊重和保障人权写入条文中，这虽然仅仅是原则性的规定，但却指导着刑事诉讼程序的运行。职务犯罪侦查也不例外，须要彻底贯彻人权保障的理念。因而建立完善的人权保障机制体系，是保障职务犯罪侦查能够合法、合理运行的关键。就法理而言，建设完善的人权保障机制体系，须要完善以下机制。
　　一、完善公正程序机制
　　（一）角色分化决定了各司其职
　　角色分化是指在职务犯罪侦查程序中，其结构要素或者功能要素演变为两个或者两个以上的角色个体，程序的决定者不但不集中行使决定权，而是将权利分解给程序的各个要素，使其各司其职、相互配合、相互制约。具体而言，就是在职务犯罪侦查程序中，讯问人员、记录人员、同步录音录像操作人员、法警人员要职责清晰，不能相互混淆，例如“审录分离”就是对侦查程序的基本要求。不仅如此，各个要素成员还应当具有该要素所必须的法定身份，例如上岗证，这样才能保证程序合法。
　　（二）排除程序外因素的阻隔
　　职务犯罪侦查程序应当尽量阻隔对结果以及法律之外的因素的过早考虑和把握，其目的是为了防止主观臆断和保证在结果未知状态下的正当行使诉讼权利。而实践中，反贪部门侦查职务犯罪时往往会遇到一些人为的程序外因素介入，这就破坏了侦查程序对结果未知性的选择，使之变得确定无疑，并向着程序意义的反方向运动。所以，只有排除这些程序外因素的干扰，才能使程序更加公正，人权得到保障。
　　（三）直观公正要求程序透明
　　直观的公正也称看的见的公正，是程序公正的自然选择，这就要求职务犯罪侦查程序要做到透明。为此，《刑事诉讼法》第一百二十一条规定：“侦查人员在讯问犯罪嫌疑人的时候，可以对讯问过程进行录音或者录像；对于可能判处无期徒刑、死刑的案件或者其他重大犯罪案件，应当对讯问过程进行录音或者录像。录音或者录像应当全程进行，保持完整性。”同步录音录像的实施是对侦查程序的公开，同时是对犯罪嫌疑人人权的保障。然而该制度尚存在诸多漏洞，须要进一步完善。
　　（四）对立意见的交涉
　　职务犯罪侦查的实践中，为了获取对侦查人员“有利”的证据，避重就轻、不听嫌疑人辩驳的情况时有发生，这是不尊重甚至是破坏犯罪嫌疑人人权的行为。因而，为了保障人权侦查人员在侦查的过程中必须全面听取犯罪嫌疑人的陈述，并且在记录时不能避重就轻，只有这样才可以实现侦查程序的专业化、合理化、规范化，才能更好的保障犯罪嫌疑人的人权。
　　二、完善价值排序机制
　　（一）完善利益量度界限标准
　　人权保障的基本属性在表现为对利益的保障，无论是以物质利益存在的形态还是以精神利益存在的状态都应当给予保障。而利益保护的前提便是划分利益量度标准，有了标准才能知道哪些利益是应当受保护的哪些利益是不应当受到保护的。职务犯罪侦查程序中，往往有些利益由于没有划分界限范围，而难以得到保护，从而人权保障难以实现。例如，哪些行为属于限制人身自由、哪些行为属于暴力，由于没有界限标准，使得很多灰色地带的情况难以定性，从而对人权保障不利，要最大限度的实现人权保障，关键问题是完善利益的量度界限。
　　（二）完善价值标准体系
　　职务犯罪侦查中的人权保障价值在于保障犯罪嫌疑人和侦查人员的合法利益。既然须要保障，那么必须设定一系列的保障标准，这样的标准可以是抽象层面的也可以是具像层面的。抽象层面的标准如人道主义标准，现实主义标准等。例如，《刑事诉讼法》第一百一十七条规定：“传唤、拘传犯罪嫌疑人，应当保证犯罪嫌疑人的饮食和必要的休息时间。”就体现了职务犯罪侦查过程中人权保障的人道主义标准。当然目前法律中人权保障的价值标准种类还不够清晰，而且内容也不够丰富明确，大有只停留在口号上的感觉。因而完善价值标准体系是必要的。
　　（三）引导正确的价值排序观念
　　价值排序规则是位阶较高的价值优先于位阶较低的价值给予保护的规则。在职务犯罪侦查的过程中，侦查人员对于人权的保障应当建立价值排序观念，对于位阶较高的价值给予优先保障。例如，在获得口供与犯罪嫌疑人的休息权之间，显然人的生命健康权的价值要高于口供的价值，故而应当优先满足。而实践中变相体罚的现象在职务犯罪侦查过程中是时有发生的，这是价值排序观念不强的体现。因此，为了建立完善的人权保障机制，引导侦查人员建立正确的价值排序观念是尤为重要的。
　　三、完善诉讼效率机制
　　（一）优化配置诉讼资源
　　职务犯罪侦查程序中，优化程序资源配置，合理配置诉讼力量，可以提高诉讼效率，从而实现对人权的合理保障。例如，由于准备工作欠缺，致使侦查工作进展不利，只得为嫌疑人办取保，虽然是在法律框架下进行，但是这样的诉讼效率显然会妨害嫌疑人的人权，因为很有可能嫌疑人根本就没有任何问题。因而，优化配置诉讼资源就要求将侦查资源合理分配，以提高诉讼效率，保障嫌疑人的权利。
　　（二）帕累托原则在职务犯罪侦查中的应用
　帕累托最优是经济学一个重要原理，是指任何两种要素无论怎样再配置都不可能在不使任何一个的处境变坏的同时，使另一要素的处境变好。帕累托改进是指在没有使任何要素境况变坏的前提下，使得至少一个人变得更好。职务犯罪侦查就应当在不损害嫌疑人和侦查人员人权的前提下，尽量优化诉讼资源配置，从而可以达到效率最优、人权保障最为彻底的状态。
　　（三）职务犯罪侦查效率模式的转变
　　提高侦查效率一直是职务犯罪侦查的目标，以往提高侦查效率的模式较为粗放，仅注重时间上的控制，如严打政策，快贞快捕，这些政策虽然提高了效率，但是对于人权保障而言往往是缺失的。现在的职务犯罪侦查应当转换这种粗放式的效率提高模式，将效率最大观念向效率最优化转变，在保障人权的前提下提高效率，这样效率指标才会有意义。
　　四、完善程序时效机制
　　（一）完善时效公示机制
　　职务犯罪侦查中比较常见的现象是侦查人员并不向嫌疑人公示拘传时间，就怕嫌疑人知道了时间后熬过点就不得不放人，这极大程度的损害了嫌疑人的人权。《刑事诉讼法》对于这种情况也并未给予直接明确的规定。但是，从人权保障的角度出发，在职务犯罪侦查过程中拘传犯罪嫌疑人后将法律规定的时效制度给予公示，保障侦查权在透明的状态下行使，这样才是对嫌疑人人权的最大保障。